骑士团直到1530年才拥有自己的领土,当时大团长菲利普·德·维利耶(FraphilippedeVilliersdelIsleAdam)占领了马耳他岛(malta)。
该岛是由神圣罗马皇帝查理五世和他的母亲卡斯蒂利亚女王琼娜(queenJoannaofcastile)以西西里国王的身份授予骑士团的,得到了教皇克莱门特七世(popeclementVII)的批准,骑士团因此需遵守《马耳他猎鹰的贡品》(tributeofthemalteseFalcon)的条件。
在1565年,骑士们在大团长让·德·瓦莱特(FraJeandeValette,曾在土耳其船上和德拉古特一起划桨)的领导下,成功防御了奥斯曼帝国的围攻,持续了三个多月。
骑士团的舰队在1571年的莱班托海战(battleofLepanto)中对奥斯曼海军力量的最终摧毁做出了贡献,该战役由西班牙国王菲利普二世(KingphilipIIofSpain)的异母兄弟奥地利的约翰(JohnofAustria)指挥。
宗教改革将西欧分裂为新教和天主教国家,对骑士团也产生了影响。
在包括英格兰、苏格兰和瑞典在内的多个国家,骑士团解散。
在其他国家,如荷兰和德国,部分司法区或指挥部(骑士团的行政区划)经历了新教转变。
这些“约翰骑士团”在德国、荷兰、瑞典以及包括美国和南非在内的许多其他国家存续下来。
骑士团被确立为在任何基督教国家之间的战争中保持中立。
从1651年到1665年,骑士团统治了加勒比海的四个岛屿。
在1651年5月21日,它购买了圣巴瑟米岛(Saintbarthélemy)、圣基督山(Saintchristopher)、圣克鲁瓦岛(Saintcroix)和圣马丁岛(Saintmartin)。
这些岛屿是从刚刚解散的法国外岛公司(pagniedes?lesdelAmérique)手中购买的。
到1665年,这四个岛屿被出售给了法国西印度公司(FrenchwestIndiapany)。
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1798年,拿破仑领导法国占领马耳他。
拿破仑要求大团长费迪南德·冯·霍姆佩施·祖·博尔海姆(Ferdinandvonhompeschzubolheim)允许他的舰船进入港口,补给水和物资。
大团长回复说,每次只能允许两艘外国船只进入港口。
拿破仑意识到这一程序将耗费时间,令他的军队暴露在英国海军上将霍雷肖·纳尔逊(AdmiralhoratioNelson)面前,于是立即下令对马耳他发起炮击。
法国士兵于6月11日早晨在七个登陆点登陆马耳他并发动攻击。
经过数小时的激烈战斗,西部的马耳他人被迫投降。
拿破仑与堡垒首都瓦莱塔(Valletta)展开谈判。
面对远远强于自己的法国军队和西马耳他的失守,大团长同意投降。
霍姆佩施于6月18日离开马耳他前往的里雅斯特(trieste)。
他于1799年7月6日辞去大团长职务。
骑士们虽然分散,但骑士团依然以减弱的形式存在,并与欧洲各国政府谈判,寻求在德意志中介化过程中重新获得权力。
俄罗斯皇帝保罗一世(paulI)为最多骑士提供了在圣彼得堡(Saintpetersburg)的庇护,这一举动催生了俄罗斯的骑士医院传统,以及骑士团在俄罗斯帝国骑士团中的认可。
在圣彼得堡的难民骑士们选举保罗沙皇为他们的大团长,这使得他成为霍姆佩施大团长的竞争对手,直到霍姆佩施退位,使保罗成为唯一的大团长。
保罗一世除了天主教大优先区外,还创建了一个“俄罗斯大优先区”,其下有不低于118个指挥部,规模庞大且向所有基督徒开放。
然而,保罗作为大团长的选举从未在天主教教规下得到确认,他实际上是骑士团的事实上的大团长,而非法理上的。
到19世纪初,骑士团因失去在欧洲的优先区而严重削弱。
骑士团收入的仅10%来自传统的欧洲来源,其余90%由俄罗斯大优先区生成,直到1810年。
这部分体现在1805年至1879年间,骑士团的治理由副官而非大团长负责,直到教皇利奥十三世(popeLeoxIII)恢复了大团长职务。
这标志着骑士团作为人道主义和宗教组织的复兴。
1806年9月19日,瑞典政府向骑士团提供了哥特兰岛(Gotland)的主权。
由于这意味着骑士团要放弃对马耳他的主张,骑士团拒绝了这一提议。
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